经济学院设有应用经济学博士后流动站，拥有应用经济学一级学科博士授权点，有国民经济学、产业经济学两个二级学科博士授权点。经济学院的硕士授权点为理论经济学、应用经济学两个一级学科，有政治经济学、经济思想史、经济史、西方经济学、人口资源与环境经济学、国民经济学、区域经济学、产业经济学、劳动经济学、国防经济10个二级学科硕士授权点，其中，政治经济学、西方经济学、产业经济学为省级重点学科。
2016年理论经济学被评为山东财经大学高峰学科，应用经济学被评为山东省一流学科。在全国第四轮学科评估当中，山东财经大学应用经济学学科获评B+，在2018“软科中国最好学科排名”中应用经济学科进入该学科前10%，理论经济学科进入“软科中国最好学科排名”前25%。